La Confraternita ha sede presso l'Oratorio della Madonna del Suffragio (conosciuto anche come Oratorio della Buona Morte e Orazione); si tratta di un edificio posto nel cuore di Santa Margherita Ligure, la cui costruzione viene fatta risalire all'anno 1523. La struttura, molto elegante e dallo stile rinascimentale con alcuni elementi barocchi, venne restaurata durante l'Ottocento, soprattutto all'esterno, con il rifacimento della facciata. Proprio la facciata si presenta a tre ordini, con due portali di accesso gemelli sul primo ordine, due lunette con statue nel secondo ordine e un culmine a tempietto sul terzo ordine, anch'esso adornato da una statua. Di particolare interesse artistico anche la parte interna, che conserva uno storico organo di fine Seicento, precedentemente sito in una struttura genovese, oltre alla tela del Cristo in catene di Domenico Piola.