La Confraternita "Mortis et Orationis" di Rapallo venne costituita nel 1630 per iniziativa di alcuni rapallesi che vollero dedicarsi al pietoso ufficio di dare sepoltura ai defunti poveri e alla conseguente preghiera a suffragio di tutti i defunti.

Ricevette una prima approvazione con atto dell'abate Alessandro Sperello, Vicario generale dell'Arcivescovo di Genova, il 21 febbraio 1631, quindi aggregata con proprio statuto all'Arciconfraternita della Morte ed Orazioni di Roma con gli stessi privilegi ed indulgenze.

Il Papa Urbano VIII nel dicembre del 1634 approvava la concessione alla Confraternita dell'uso perpetuo della chiesa di S. Stefano, da tempo in abbandono, la quale si impegnava ad effettuare i necessari restauri ed il ripristino dell'uso liturgico. I confratelli che indossavano, e indossano tuttora, una semplice cappa in tela nera cinta in vita con cordone nero e distintivo stampato su cartone appuntato sulla parte sinistra del petto, oltre alla vita religiosa ed alle funzioni liturgiche, si dedicarono con particolare impegno nel dare sepoltura cristiana presso le chiese del borgo e presso lo stesso Oratorio a morti poveri ed abbandonati, come testimonia il libro del Provveditore che indica precise registrazioni dal 1691 al 1797. Tra le pratiche religiose della Confraternita, particolare rilievo aveva la preghiera nella novena e ottavario dei morti, le messe in suffraggio dei confratelli defunti, la preghiera al SS. Sacramento; rilevante era la processione del Venerdì Santo, nella quale veniva portata a spalle la statua del cristo deposto, opera dello scultore Antonio Canepa dal 1899, e relativa "cuna" dorata opera dell'intagliatore genovese Carlo Sconnio; ancora oggi viene esposta durante la settimana santa alla venerazione e preghiera dei fedeli.