Secondo le scarne notizie storiche, questo a causa della dispersione e distruzione del prezioso archivio storico per mano dei soldati francesi in epoca napoleonica (fine XVIII secolo), la fondazione dell'oratorio potrebbe essere avvenuta in un periodo che va dal XIII al XIV secolo; la stessa confraternita si formò presumibilmente intorno alla metà del Duecento con la diffusione del movimento dei Disciplinanti o dei Battuti.

La prima citazione dell'oratorio è in realtà datata al 1406 in un atto notarile del notaro chiavarese Nicolò Rivarola dove espressamente appare la dicitura Ecclesia Trinitatis Verberatorum de Lavania. Al 1579 risale la separazione della locale confraternita dalla Compagnia dei Terziari di San Francesco che, da tale anno autonoma, approvò i nuovi statuti solamente nel 1638, in un tempo posteriore alla visita del visitatore apostolico monsignor Francesco Bossi, avvenuta nel 1582.

Nel 1738 l'oratorio fu dotato di un nuovo altare marmoreo maggiore alla quale si aggiunsero, nel 1768, gli scranni in legno per i confratelli.

Una discordia tra gli adepti della confraternita portò nel 1793 ad una situazione di contrasti interni che perdurarono fino al 31 marzo del 1796 quando si pose fine alle discordie tramite un apposito decreto del Senato della Repubblica di Genova. Con la nuova dominazione napoleonica in Liguria, dalla fine del XVIII secolo al primo decennio del XIX secolo, l'oratorio e la confraternita subirono le ristrettezze delle nuove normative francesi a danno degli ordini religiosi, tanto che dal 1810 al 5 settembre 1814 l'edificio fu chiuso al culto con il conseguente abbandono forzato dei religiosi.

La caduta di Napoleone e un decreto della Giunta degli Affari Ecclesiastici permise sul finire del 1814 il ritorno dei confratelli e l'apertura della chiesa; è in questa occasione che l'oratorio subì una nuova fase di abbellimento con decorazioni, conservazione di opere artistiche e oggetti sacri e l'aggiunta di altari laterali. Inoltre, nel 1836, furono approvati dal cardinale e arcivescovo di Genova Placido Maria Tadini i nuovi statuti della confraternita, tuttora in vigore.

Un significativo intervento alla struttura si attuò nel 1844, per l'apertura di una nuova via carrabile, l'odierna via Nuova Italia, che portò ad un ribaltamento interno dell'edificio. La zona absidale del presbiterio trovò quindi spazio nella parte opposta, nei pressi della piazzetta esistente fra l'oratorio e il santuario di Nostra Signora del Carmine.

Sull'altare maggiore è collocato un Crocifisso attribuito al celebre scultore genovese Anton Maria Maragliano, mentre nell'abside è collocata l'antica scultura della SS. Trinità, che fu poi sostituita da quella realizzata dal Maragliano, e conservata in una nicchia della parete destra dell'Oratorio. 

Di notevole rilievo i dipinti che ornano l'Oratorio; di particolare bellezza sono il Martirio di Santo Stefano di Domenico Piola e la Deposizione attribuita a Luca Cambiaso.

La Confraternita possiede cinque crocifissi processionali, dei quali uno di scuola maraglianesca, uno realizzato da Antonio Brilla ed uno dallo scultore locale Dallorso. I crocifissi vengono portati solennemente in processione in occasione delle feste della SS. Trinità, della Madonna del Carmelo (Patrona di Lavagna), e di S. Stefano, titolare della Parrocchia nel cui territorio ha sede la Confraternita.